KH. Akhmad Kharis Masduki lahir di Desa Getas, Kecamatan Playen, Kabupaten Gunungkidul pada 17 Juni 1969. Beliau adalah putra kedua dari pasangan KH. Syarwidi dan Nyai. Hj. Fatimatun. Beliau besar di tengah keluarga yang mencintai Al Qur’an. Sang ayah dengan telaten membimbing KH. Akhmad Kharis Masduki mengaji Al Qur’an sejak kecil. Selain mendapat pendidikan agama secara langsung dari orang tuanya, beliau juga menimba ilmu di Madrasah Ibtidaiyah Tanjung Getas. Beliau lulus tahun 1981 dari MI Tanjung Getas dan melanjutkan sekolah ke Madrasah Tsanawiyah (MTs) Negeri Gubukrubuh.
Setelah lulus dari MTs Negeri Gubukrubuh pada 1984, beliau melanjutkan sekolah di Madrasah Aliyah (MA) YAPPI Gubukrubuh dan nyantri di Pondok Pesantren An Nur Ngrukem, Bantul, DI Yogyakarta. Di Ponpes An Nur Ngrukem asuhan KH. Nawawi Abdul Aziz itu beliau ditempa menjadi seorang hafidz yang juga menguasai berbagai disiplin ilmu agama.
Selepas lulus pendidikan di tingkat MA, KH. Akhmad Kharis Masduki melanjutkan studi di Fakultas Adab Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Sunan Kalijaga yang kini menjadi Universitas Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga. Beliau pun meraih gelar sarjananya pada 1992. Pada tahun itu juga, beliau sukses meraih juara pertama pada ajang Musabaqoh Tilawatil Quran (MTQ) cabang Tafsir Al Qur’an tingkat nasional. Atas prestasinya itu, KH. Akhmad Kharis Masduki ditunjuk menjadi delegasi Indonesia dalam MTQ Internasional dalam cabang Tahfidz Al Quran dan Tafsir Al Qur’an berbahasa Arab di Makkah, Arab Saudi. Dalam ajang yang diikuti oleh delegasi dari 45 negara itu, KH. Akhmad Kharis Masduki pun berhasil membawa harum nama Indonesia dengan menjadi salah satu peserta terbaik dalam ajang tersebut.
MTQ Internasional itu juga menjadi wasilah pertemuan KH. Akhmad Kharis Masduki dengan pengasuh Ma’had Daruttauhid Makkah yakni Abuya Sayyid Muhhammad bin Alawi al Maliki. KH. Akhmad Kharis Masduki bersilaturahmi kepada Sayyid Muhammad bin Alawi al Maliki di tengah pengajiannya. Pertemuan itu pun sangat berkesan bagi KH Akhmad Kharis Masduki. Hingga setelah mengikuti MTQ Internasional dan pulang ke Indonesia, beliau pun memutuskan untuk kembali lagi ke Makkah dan menimba ilmu kepada Abuya Sayyid Muhhammad bin Alawi al Maliki. Selama enam tahun KH Akhmad Kharis Masduki menimba ilmu di Makkah. Beliau banyak memperdalam hadits dan ilmu hadits kepada Abuya Sayyid Muhhammad bin Alawi al Maliki.
Pada 1998 KH. Akhmad Kharis Masduki kembali ke Indonesia.
Beliau menikah dengan Nyai, Hj. Wardah Nawawi yang merupakan putri dari Pengasuh Pesantren An Nur Ngrukem, KH. Nawawi Abdul Aziz. Beliau lantas berkhidmat di Pondok Pesantren An Nur Ngrukem. Kala itu sekolah formal jenjang pendidikan MA di Ponpes An Nur Ngrukem baru membuka program jurusan IPA dan IPS. KH. Akhmad Kharis Masduki pun mengusulkan kepada KH Nawawi Abdul Aziz agar dibuka jurusan agama.
Usulan itu pun disambut baik KH Nawawi Abdul Aziz. Hingga pada 1999 jenjang pendidikan MA di Ponpes An Nur Ngrukem membuka jurusan agama. Bahkan KH Akhmad Kharis Masduki langsung mendapat izin dari KH Nawawi Abdul Aziz untuk mengelola MA jurusan agama itu.
KH. Akhmad Kharis Masduki juga menjadi salah satu inisiator berdirinya Sekolah Tinggi Ilmu Al-Quran (STIQ) An Nur Ngurkem sebagai wadah khususnya bagi para santri Ponpes An Nur Ngrukem untuk memperdalam ilmu Alquran. Selama dua periode KH. Akhmad Kharis Masduki pun mendapat amanat sebagai wakil ketua STIQ An Nur Ngrukem.
Pada 27 Agustus 1999 bertepatan dengan 15 Jumadil Awwal 1420 H Pondok Pesantren Darul Quran Wal Irsyad Wonosari didirikan oleh beberapa ulama kharismatik Yogyakarta yaitu pengasuh Pondok Pesantren An Nur Ngrukem, KH. Nawawi Abdul Aziz, Pengasuh Pondok Pesantren Nurul Ummah Kotagede, KH. Azhari Marzuki, Ulama Gunungkidul KH. Habib Wardani dan H. Mustangid. Sejak saat itu pula, KH. Akhmad Kharis Masduki mendapat amanat sebagai pengasuh Pondok Pesantren Darul Quran Wal Irsyad Wonosari.
